Спасибо, что пользуетесь Hand2Note.
Скорее всего, в вашем восстановленном конфиге есть профили с одинаковыми ID номерами. Откройте папки Hud profiles и Popup profiles которые находятся в папке C:\Program Files\Hand2Note\Сonfig по умолчанию, проверьте ID файлов профилей и перенесите в другое место (или удалите) ненужные профили с дублирующимся ID.